2006年，新疆维吾尔自治区国有资产监督管理委员会和中国水务投资有限公司进行战略合作，对原新疆昌源水利水电产业集团有限公司实施重组，成立新疆昌源水务集团有限公司，注册资本金5亿元，中国水务持有60％股份，自治区国资委持有40％股份。 2010年，新疆昌源水务集团有限公司增资扩股。注册资本金增至为8亿元，其中：中国水务投资有限公司持有51％股份，新疆维吾尔自治区国有资产监督管理委员会持有25％股份，深圳市博纳投资合伙企业(有限合伙)持有14％股份、湖北航天瑞麒投资管理咨询有限公司持有10％股份【2016年已将其所持有的10%转让给了浙商铁汉（深圳）生态产业投资合伙企业（有限合伙）】。
